中国科学院は、中国全土に百以上の付属研究所、2つの大学などを有しており、これらの事務的な業務を総合調整するために、下図の通り、本部のある北京を含めて12の地域に分院を有している。
それぞれの分院では、担当の省・自治区が決まっており、具体的には北京（北京市、天津市、山西省を管轄）、瀋陽（遼寧省、山東省）、長春（吉林省、黒竜江省）、上海（上海市、福建省、浙江省）、南京（江蘇省）、武漢（江西省、湖北省）、広州（広東省、湖南省、海南省）、成都（四川省）、昆明（雲南省、貴州省）、西安（陝西省）、蘭州（甘粛省、青海省）、新疆（新疆ウィグル自治区）である。
なお、安徽省にある合肥物質科学研究院及び中国科学技術大学は、分院で事務調整を行わず、直接本部で事務調整が行われている。